Контрастный рельеф, широкий спектр почвенно-грунтового увлажнения обуславливают большое разнообразие почв. На территории парка выделено 12 почвенных разностей.

Молодость Куршской косы, подвижный рыхлопесчаный субстрат, его быстрое иссушение, чрезвычайная бедность элементами минерального и азотного питания - природные факторы, не благоприятствующие формированию сплошного хорошо развитого почвенного покрова. Значительные площади (около 1/4 территории) занимают свободные незакрепленные и полузакрепленные пески, слагающие пляжи, защитную авандюну, Большую дюнную гряду.

Открытые постоянно перевеиваемые пески - типичные местообитания неравномерно рассеянных пионерных трав - сухолюбов; слабо заросшие пески (разреженная травяно-кустарниковая растительность с ничтожным опадом) характеризуются примитивными слегка прогумуссированными и оподзоленными с поверхности почвами-пленками.

Почвенный покров лесистой равнины - пальве, занимающий наибольшую площадь Куршской косы, сплошной, хорошо развит, однако неоднороден. Причина этому - разнообразные условия рельефа, почвенно-грунтового увлажнения, неоднородный характер растительности.

Бугристую сухую сосновую, сосново-березовую пальве занимают слаборазвитые, маломощные оподзоленные почвы с сухоторфянистой подстилкой, заметным по цвету (серый) гумусонакоплением - карликовые подзолы. Зрелые сосняки и смешанные насаждения волнистой умеренно влажной пальве формируются на подзолистых и дерново-подзолистых полнопрофильных, с четко выраженными горизонтами почвах. Под старыми наиболее ценными сосново-еловыми лесами развиты мощные глубоко подзолистые оторфованные почвы.

Около 15% площади косы занято переувлажненными, заболоченными и болотными почвами. Они размещаются на низкой затопляемой пальве, в западинах, ложбинах и котловинах. Под густыми крупнотравными ольшаниками низинных болот - почвы мокрые перегнойно-глеевые, плодородные, на сфагновом болоте (болото Свиное) - мощные верховые торфяники.

На территориях, издавна освоенных человеком под огороды, сады, луга и пастбища (поселки Лесное, Рыбачий, Морское) сформировались хорошо окультуренные почвы. Они отличаются полноразвитым профилем, значительным по мощности гумусовым горизонтом, благоприятными физическими и химическими свойствами. Их площадь составляет менее 1%.